L’agriculture a des impacts sur les milieux aquatiques, en termes de qualité et de quantité des ressources, mais aussi de biodiversité. L’intensification de l’agriculture opérée à partir des années 1960, avec notamment l’utilisation d’engrais, mais aussi la spécialisation des exploitations et des régions (concentration de l’élevage, réduction de la diversité des cultures, diminution des prairies permanentes), se traduit par une rupture de l’équilibre entre l’environnement aquatique et l’agriculture, et particulièrement par une dégradation de la qualité de l’eau par les nitrates. En réponse à cette pollution, l’Union européenne adopte en 1991 la directive « nitrates » : celle-ci impose notamment la désignation de zones dites « vulnérables » à la pollution par les nitrates, où les agriculteurs doivent appliquer des programmes d’actions spécifiques. La directive exige également une surveillance des concentrations en nitrates dans les eaux de surface et souterraines, afin de vérifier l’efficacité de ces programmes d’actions.