La DCE fixe comme objectif de rétablir - ou de maintenir lorsque c’est déjà le cas - le bon état des milieux aquatiques, c’est-à-dire des cours d’eau, des plans d’eau, des eaux littorales (eaux côtières et eaux dites « de transition » - estuaires et lagunes par exemple) et des eaux souterraines. Pour cela, la gestion de l’eau est conduite à l’échelle des bassins versants des grands fleuves européens, y compris de manière transfrontalière lorsque ces fleuves traversent plusieurs pays. Les objectifs de bon état sont fixés à une plus petite échelle, celle des « masses d’eau », qui correspondent à des portions homogènes de cours d’eau, plans d’eau, nappes souterraines, etc. Des plans de gestion sont élaborés, et révisés régulièrement. Les représentants de tous les acteurs du bassin versant participent à cette démarche au sein d’instances de concertation qui leur permettent d’exprimer et confronter leurs points de vue : en France ce sont les « comités de bassin ». L’atteinte du bon état des milieux aquatiques de surface (cours d’eau, plans d’eau, eaux de transition, eaux côtières), évalué à l’échelle des masses d’eau correspondantes, repose sur un bon état écologique et un bon état chimique. L’état écologique tient compte de l’écosystème dans son ensemble, et se base sur des paramètres biologiques (abondance des espèces de poissons d’une rivière par exemple), tout en tenant compte de paramètres physico-chimiques (oxygène dissous dans l’eau, température, etc.) et de la morphologie et de l’hydrologie du milieu. L’état chimique s’évalue d’après la présence et la concentration dans l’eau d’une liste de substances polluantes. L’atteinte du bon état des eaux souterraines, évalué à l’échelle des masses d’eau correspondantes, repose sur un bon état chimique (semblable à celui des eaux de surface, mais adapté aux particularité des eaux souterraines) et un bon état quantitatif : la variation saisonnière du niveau de la nappe ne doit pas menacer ni son équilibre à long terme, ni les milieux aquatiques qui lui sont liés.

Le SDAGE 2022-2027 identifie les captages d'alimentation en eau potable pour lesquels la qualité des eaux brutes est dégradée (Disposition T2 - O6.2 - D3). Cette liste est une liste de signalement. Les captages dont la qualité s'est durablement améliorée sortent de fait de cette liste (hors captages grenelle et conférence environnementale dont la liste a été fixée au niveau national). Les captages prioritaires du SDAGE correspondent aux captages prioritaires ‘’Grenelle ‘’et ‘’Conférence environnementale’’, accompagnés de captages désignés comme dégradés, sensibles aux pollutions diffuses ou susceptibles de l’être.