L’évaluation de l’état écologique des rivières est régie par l’application de protocoles sur le terrain et au laboratoire. Ceux-ci induisent de nombreuses incertitudes tant naturelles qu’humaines. L’objectif de cette thèse est (1) d’étudier l’impact de certaines incertitudes sur deux indices biologiques basés sur les macroinvertébrés et les macrophytes en rivière, (2) de les estimer et (3) d’observer leur propagation jusqu’à l’évaluation de la qualité écologique des rivières. Pour les macroinvertébrés, nous nous sommes intéressés à l’impact de la variation intra-substrat et à l’effet des variabilités liées aux compétences de l’opérateur dans les indices IBGN, IBG DCE et I2M2. Pour les macrophytes, nous nous sommes focalisés sur l’effet opérateur dans l’IBMR. Des variations des indices ont été observées jusqu’à conduire à une mauvaise évaluation globale. Des solutions correctives peuvent être proposées afin de réduire les effets des sources de variabilités étudiées.

Les règles d’évaluation de l’état des eaux de surface sont définies au niveau national par un
arrêté ministériel du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d’évaluation de l’état écologique, de l’état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface pris en application des articles R.212-10, R.212-11 et R.212-18 du code de l’environ
nement modifié par :
- l’arrêté du 8 juillet 2010 ;
- l’arrêté du 28 juillet 2011 ;
-l’arrêté du 27 juillet 2015.