Si le 4ème programme d’actions de la directive nitrates a rendu obligatoire la couverture du sol durant l’hiver à des fins de réduction des pertes de nitrates, les travaux sur les CIPAN ont débuté bien avant cette obligation. En effet, les plateformes d’expérimentation sur les couverts permettent de disposer de références techniques et environnementales sur ces CIPAN depuis plus de 10 ans et ont joué un vrai rôle d’animation dans les opérations Agri-Mieux et les zones de captage.

Le début des années 2000 coïncide avec le premier rapport de l’IFEN (Institut Français de l’Environnement) mettant en évidence la présence de produits phytosanitaires dans les eaux. Ce rapport porte annuellement à connaissance de la société civile l’état de présence en molécules phytosanitaires dans les cours d’eau ou les nappes profondes. En Lorraine, les principaux responsables de cette pollution sont les herbicides tel que le glyphosate ou l’atrazine.
La Directive Cadre Européenne sur l’Eau impose le bon état écologique des milieux aquatiques pour 2015. Afin de répondre à cet objectif, la profession agricole se mobilise depuis plusieurs années pour réduire les dégradations du milieu. Ainsi, la compréhension des phénomènes de pollution des eaux par les pesticides est un des enjeux de recherche majeur pour concilier productivité agricole et respect de l'environnement.