En impactant directement la répartition, la croissance et le métabolisme des espèces aquatiques, la température est un paramètre clé pour le suivi de la qualité des écosystèmes aquatiques.Il devient donc évident que la surveillance de l’évolution de la qualité des milieux aquatiques passe aussi par la mise en place de programme d’analyse de données thermiques. C’est pourquoi depuis 2012, la Fédération du Haut-Rhin de pêche et de protection du milieu aquatique (FDAAPPMA68) s’est lancée dans le suivi thermique des principaux cours d’eau du département, avec un réseau constitué de 123 sondes (Enregistreurs Onset HOBO) en 2020.

La faune piscicole est particulièrement sensible aux variations de l’environnement mésologiques et physiques des milieux aquatiques et ce sont bien souvent les salmonidés qui se révèlent les plus illustrateurs des perturbations des rivières. Parmi eux, l’ombre commun (Thymallus thymallus) est considéré comme une espèce particulièrement sensible, bien plus que la truite fario (Persat & Eppe, 1997) et peut être utilisé comme « guide » d’aménagement ou de gestion des milieux (Dufour, 2011). Dans le département du Haut-Rhin, cette espèce a subi une importante régression lors des années 2000 à la suite d’épisodes fréquents de pollutions et de sécheresse. A ce titre, la Fédération du Haut-Rhin pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique (FDAAPPMA68) s’est engagée dans un programme pluriannuel sur l’ensemble du département de suivi et de réhabilitation de cette espèce. Cette étude s’inscrit dans une diagnose piscicole continue dans le temps avec, comme principal indicateur de la qualité des milieux, l’ombre commun. Le présent rapport représente la dernière année de cette étude.

Le plan quinquennal d’inventaire de la FDAAPPMA68 est un programme d’analyse global qui se veut par définition pluriannuel et répond à un constat, des besoins identifiés et des objectifs précis tels que : - Acquisition ou amélioration des connaissances sur des zones sensibles prioritaires mais méconnues ; - Répondre aux sollicitations des acteurs locaux (AAPPMA, communes, syndicats, gestionnaires, etc.) sur un territoire remarquable ; - Accumuler des données scientifiques qualitatives et quantitatives pour combler les manques de données piscicoles identifiés ; - Permettre l’émergence d’un nouveau Plan Départemental pour la Protection du milieu aquatique et la Gestion des ressources piscicole (PDPG) à l’aide des données produites ; - Permettre la réalisation à terme d’un atlas répondant à un certain nombre de problématiques