Le Programme National de Recherche sur les Zones Humides (PNRZH) comprenait quatre thèmes principaux :

- structure et fonctionnement des zones humides, thème qui vise à développer les connaissances et les méthodes permettant d'une part de caractériser les zones humides (milieux, faune, flore), et d'autre part de définir les critères d'évaluation de leur fonctionnement,
- rôle écologique et importance économique des zones humides,
- interactions nature/société dans les zones humides, thème centré sur la nécessité de mieux connaître les effets des diverses pratiques d'utilisation des ressources ou d'aménagement du milieu sur le fonctionnement général des zones humides,
- modes d'actions pour la conservation ou la restauration.

L’analyse de la hiérarchisation des enjeux a débouché sur l’établissement de 4 objectifs de développement durable pour ce DOCOB : conserver et renforcer les habitats et les espèces d'IC du complexe prairial (ODD1), idem pour les habitats et les espèces d'IC du réseau de zones humides (hors prairial) (ODD2), idem pour les habitats et les espèces d'IC du réseau hydrographique et zones forestières (ODD3) et animer la politique Natura 2000 (ODD4). Au titre de la ZSC, pour l’établissement du plan d’action du DOCOB, seuls les habitats et espèces d’intérêt communautaire de la « directive habitats » ont été retenus. La conservation de la majorité des habitats et des espèces d’intérêt communautaire du site Natura 2000 est intimement liée aux pratiques agricoles, notamment en termes de période de fauche et de fertilisation, mais aussi à la qualité des cours d’eau.