Les travaux de restauration de la Mortagne et de ses affluents portent sur le traitement de la végétation des berges et du lit, la gestion des plantations de résineux en bord de cours d'eau, la restauration ou l'aménagement des ouvrages hydrauliques, la création de seuils visant à limiter des phénomènes d'incision du lit, une mission d'animation auprès des propriétaires forestiers, des interventions spécifiques sur les affluents de l'Arentèle.