C’est dans ce contexte que cette étude, portant sur « la réhabilitation de l’Ombre commun (Thymallus thymallus) sur la Thur », doit s’inscrire dans une diagnose piscicole continue dans le temps car les poissons sont d’excellents indicateurs de la qualité des milieux. Situé sur l’ensemble des pôles de la chaine alimentaire et présentant des exigences écologiques nuancées, ils sont particulièrement sensibles aux variations de l’environnement mésologique et physique. Parmi les espèces salmonicoles,
l’ombre commun est considéré comme une espèce particulièrement sensible et doit être utilisée comme « guide » d’aménagement ou de gestion des milieux électifs (DUFOUR, 2011). De plus, l’espèce est soumise, plus que la truite, aux aménagements des cours d’eau et aux pollutions (PERSAT & EPPE,
1997).

La reproduction piscicole dans le canal du Rhône au Rhin entre Saint-Bernard et Retzwiller a été étudiée par la mise en place de supports de pontes artificiels. Ces frayères artificielles, au nombre de 14, sont de surfaces différentes (1m2, 0,87m2 et 0,47m2) et de types de support différents (type ARMORVIF et SOVB). Ces frayères artificielles ont présentées des résultats encourageants puisqu’elles ont toutes été le théâtre d’au moins une ponte et certaines ont montrées des pontes successives durant plus d’un mois et demi avec des quantités importantes d’oeufs. L’incubation des oeufs a permis de mettre en évidence que trois espèces : le sandre, la carpe et le gardon utilisent ces frayères, parmi les 21 espèces présentes dans le canal, mises en évidence par la synthèse de données piscicoles existantes : enquête halieutique, pêche de sauvetage et repeuplement. La rentabilité des frayères artificielles dans ce type de canaux à été comparée à d’autres moyens de gestion que sont le repeuplement et la création de frayères naturelles. Les frayères artificielles présentent
plusieurs avantages mais la rentabilité est variable suivant les différents scénarios envisagés et peut être optimisée en utilisant des matériaux à coût plus faibles à tester en vus d’une généralisation possible de leurs mises en place dans le canal du Rhône au Rhin.

Les 19 et 20 avril 2011, à Paris, plus de 200 scientifiques et gestionnaires des milieux aquatiques se sont réunis lors des journées " DCE * et bioindication" du séminaire "Méthodes d'évaluation de l'état des eaux ? Situation et perspectives dans le contexte de la directive cadre sur l'eau" .
Cet ouvrage constitue une synthèse des contributions scientifiques apportées lors de ces rencontres organisées par l'Onema (Office national de l'eau et des milieux aquatiques) ainsi que des discussions qui en ont découlé durant l'année 2012 au sein du groupe de travail DCE - Eaux de surface continentales (DCE-ESC). Il concerne les bioindicateurs, des outils permettant de juger l'état écologique des masses d'eau.

Le présent rapport a pour objectif de faire le bilan des résultats de l'élément de qualité "poisson" obtenus dans le cadre du RCS "cours d'eau" sur l'ensemble de la partie française du bassin Rhin-Meuse durant le premier cycle d'observation 2007-2012. Un premier chapitre sera consacré à la description du réseau et en particulier à l'étude de sa représentativité par rapport à l'ensemble des cours d'eau du bassin. Les aspects méthodologiques seront abordés dans le second chapitre. Le troisième chapitre aura vocation à présenter les résultats de
l'indice poissons rivière (IPR). Sa sensibilité vis-à-vis de la qualité du milieu (qualité générale de l'eau et qualité hydromorphologique) ainsi que son lien avec les principaux indices biologiques (IBGN, IBD) seront étudiés dans un chapitre suivant. La composition spécifique des peuplements observés à travers les stations du RCS et un zoom sur les Gobiidae récemment arrivés dans le bassin complèteront ce rapport par un cinquième chapitre.