Le début des années 2000 coïncide avec le premier rapport de l’IFEN (Institut Français de l’Environnement) mettant en évidence la présence de produits phytosanitaires dans les eaux. Ce rapport porte annuellement à connaissance de la société civile l’état de présence en molécules phytosanitaires dans les cours d’eau ou les nappes profondes. En Lorraine, les principaux responsables de cette pollution sont les herbicides tel que le glyphosate ou l’atrazine.
La Directive Cadre Européenne sur l’Eau impose le bon état écologique des milieux aquatiques pour 2015. Afin de répondre à cet objectif, la profession agricole se mobilise depuis plusieurs années pour réduire les dégradations du milieu. Ainsi, la compréhension des phénomènes de pollution des eaux par les pesticides est un des enjeux de recherche majeur pour concilier productivité agricole et respect de l'environnement.

La FREDON Lorraine a créé un kit d'observation des bioagresseurs de la vigne en partenariat avec l'Agence de l'Eau Rhin-Meuse qu'elle met à dispotistion des viticulteurs lorrains.
Il est composé d'une loupe et d'un guide technique intitulé "Guide de la protection intégrée du vignoble en Lorraine". Le guide est richement illustré et contient les éléments de biologie et de reconnaissance de différents organismes pathogènes de la vigne observables en Lorraine ainsi que des méthodes de lutte et stratégies envisageables. L'objectif de cette action est de réduire l'utilisation des produits phytosanitaires en favorisant l'observation au vignoble et le raisonnement des interventions phytosanitaires.

L’analyse de la hiérarchisation des enjeux a débouché sur l’établissement de 4 objectifs de développement durable pour ce DOCOB : conserver et renforcer les habitats et les espèces d'IC du complexe prairial (ODD1), idem pour les habitats et les espèces d'IC du réseau de zones humides (hors prairial) (ODD2), idem pour les habitats et les espèces d'IC du réseau hydrographique et zones forestières (ODD3) et animer la politique Natura 2000 (ODD4). Au titre de la ZSC, pour l’établissement du plan d’action du DOCOB, seuls les habitats et espèces d’intérêt communautaire de la « directive habitats » ont été retenus. La conservation de la majorité des habitats et des espèces d’intérêt communautaire du site Natura 2000 est intimement liée aux pratiques agricoles, notamment en termes de période de fauche et de fertilisation, mais aussi à la qualité des cours d’eau.

L'engouement pour les techniques alternatives au désherbage chimique a permis le développement, depuis une dizaine d'années, de nombreux types de machines de désherbage alternatif à l'utilisation de produits phytosanitaires. Cependant ces méthodes sont en continuelle évolution technique et ont une efficacité variable. La FREDON Lorraine et la FREDON Alsace se sont associées afin de mettre en oeuvre une expérimentation visant à étudier des techniques de désherbage alternatif. Les techniques ont été choisies afin de représenter au mieux l'offre de matériel disponible. Cette étude est réalisée sur une période de deux ans (sur les deux saisons de désherbage de 2010 et 2011), durée devant permettre de réduire les effets des aléas climatiques et matériels.

Le bassin Rhin-Meuse comporte, notamment sur sa partie Lorraine, des zones agricoles largement drainées sur des surfaces importantes (plaine de la Woëvre, plateau Lorrain...). Sur ces secteurs, l’efficacité des bandes enherbées mises en oeuvre réglementairement pour servir de dispositifs de filtration de ces eaux de drainage se pose. Par ailleurs, dans
ces zones où les cours d’eau ont subi de lourds aménagements hydrauliques (rectification, recalibrage, suppression de végétation...), les problématiques de qualité et restauration physique des rivières sont également prégnantes. Dans ce contexte, le futur plan de gestion des eaux (SDAGE) fixe de nouvelles dispositions visant à éviter les rejets directs des drainages dans les milieux aquatiques et à rendre obligatoire la création de dispositifs “tampon” à l’exutoire des nouveaux réseaux de drainage. Il est également proposé de démultiplier, de manière rustique, ce type de dispositifs sur les drainages existants.

Dans le cadre de la mise en oeuvre du Document d’Objectifs relatif au site Natura 2000 n° FR4100238 «Vallée de la Meurthe de la Voivre à St Clément et tourbière de la Basse St Jean» (CG54, 2007) ainsi qu’au titre de sa politique Espaces Naturels Sensibles, le conseil général de la Meurthe-et-Moselle (CG54) a mandaté le groupement solidaire des bureaux d’études « ENTOMO-LOGIC » et « Lorraine Lépidoptérologie » pour effectuer le suivi scientifique des populations d’Azuré des paluds de 2009 à 2013. Cette étude fait suite à celle du Conservatoire des Espaces Naturels de Lorraine (CEN Lorraine, ex-CSL) qui couvrait la période de 2005 à 2007.