Si le 4ème programme d’actions de la directive nitrates a rendu obligatoire la couverture du sol durant l’hiver à des fins de réduction des pertes de nitrates, les travaux sur les CIPAN ont débuté bien avant cette obligation. En effet, les plateformes d’expérimentation sur les couverts permettent de disposer de références techniques et environnementales sur ces CIPAN depuis plus de 10 ans et ont joué un vrai rôle d’animation dans les opérations Agri-Mieux et les zones de captage.

L’analyse de la hiérarchisation des enjeux a débouché sur l’établissement de 4 objectifs de développement durable pour ce DOCOB : conserver et renforcer les habitats et les espèces d'IC du complexe prairial (ODD1), idem pour les habitats et les espèces d'IC du réseau de zones humides (hors prairial) (ODD2), idem pour les habitats et les espèces d'IC du réseau hydrographique et zones forestières (ODD3) et animer la politique Natura 2000 (ODD4). Au titre de la ZSC, pour l’établissement du plan d’action du DOCOB, seuls les habitats et espèces d’intérêt communautaire de la « directive habitats » ont été retenus. La conservation de la majorité des habitats et des espèces d’intérêt communautaire du site Natura 2000 est intimement liée aux pratiques agricoles, notamment en termes de période de fauche et de fertilisation, mais aussi à la qualité des cours d’eau.