La Directive européenne 2000/60/CE du 23 octobre 2000, dite Directive Cadre sur l’Eau (DCE), établit un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau et instaure la mise en place d’un réseau de contrôle et de surveillance des eaux de surface. Elle fixe notamment l’atteinte du
bon état des masses d'eau pour 2015.
S’agissant des plans d’eau, l’étude des peuplements piscicoles est assurée par l’Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques (ONEMA) au travers d’un échantillonnage aux filets multimailles (Norme C.E.N. 14757). Le lac de Longemer fait partie de ce réseau, il avait déjà été échantillonné selon ce protocole en 2010.
Les différents éléments recueillis en 2010 et 2016 permettent de classer le lac de Longemer dans la catégorie des plans d'eau "mésotrophes".
Ainsi, le peuplement piscicole du Lac de Longemer est aujourd’hui un peuplement dominé par les espèces introduites et euryèces (Perche-Gardon-Grémille), tandis que les espèces indigènes aux
exigences biologiques élevées sont soit disparues (lote, vairon) ou très faiblement représentées (Truite commune, Vairon, Chabot).
Deux nouvelles espèces font leur apparition dans l'échantillon en 2016, la Truite arc-en-ciel et l'Écrevisse à pattes rouges. Ce lac est sans doute le plus grand lac en France à accueillir une population de cette espèce.
La répartition spatiale des poissons au sein de la masse d'eau laisse apparaître un dysfonctionnement
de l'écosystème qui se manifeste notamment par une anoxie des strates profondes et l'absence de vie
piscicole.
Le lac de Longemer apparaît comme un lac dystrophe où l’atteinte du bon état écologique nécessitera un programme de mesures ambitieux, particulièrement pour restaurer la qualité physico-chimique de l'eau qui s'avère, à l'heure actuelle, être le facteur limitant du bon état écologique.