La phase de chantier est une phase de perturbation intense pour le milieu naturel. Le dégagement des emprises,
l’installation des zones du chantier, les travaux de terrassement provoquent une destruction directe des habitats
naturels et de certains groupes faunistiques incapables de fuir assez rapidement les zones de travaux.
Les zones humides et milieux aquatiques situés en périphérie des chantiers peuvent également subir des atteintes à
des degrés divers.
Au delà de la phase de chantier les impacts de l’infrastructure peuvent perdurer à long terme. La fragmentation des
habitats, la rupture des continuités écologiques, la modification du fonctionnement hydrologique et les pollutions
chroniques ou accidentelles constituent les principales menaces pour les zones humides lors de la phase d’exploitation.